Я также столкнулся с этой проблемой несколько раз после обновления ядра Linux.
Что я сделал:
sudo apt-get install linux-headers-`uname -r`
Переконфигурируйте dkms и модуль загрузки:
Затем работает VirtualBox. Не требуется перезагрузка компьютера.