Вы можете создать сценарий запуска и поместить его в /usr/local/bin.
Кроме того, вы можете создать запись в меню, которая указывает на сценарий, чтобы запустить его из ваших меню. В KDE вы можете использовать kmenuedit для этого, у Gnome есть аналогичный редактор меню.