список полномочий
Я - биомедик, и я испытываю затруднения при выполнении пользовательского конвейера анализа данных, записанного одним из наших сотрудников. Его сценарий отказывает с
/bin/sh: 1: /usr/local/bin/FastQC/FastQC_v0.10.1: Permission denied
make[2]: *** [/home/kat/gentrap.git/gentrap_OUT/1_Bira_TAAGGCGAGAGTAG_R1.fastqc] Error 1
make[2]: Leaving directory `/home/kat'
Вещь, я уже сделал меня владельцем /usr/local/bin/FastQC (sudo chown -R user:user /usr/local/bin/FastQC) и, учитывая меня полномочия чтения/записи/исполняемого файла (sudo chmod -R +rwx /usr/local/bin/FastQC). Я пытался перечислить полномочия с ls -la и я немного смущен выводом:
drwxr-xr-x 3 kat kat 4096 mei 8 14:20 .
drwxr-xr-x 5 root root 4096 mei 8 14:20 ..
drwxr-xr-x 7 kat kat 4096 mei 8 14:20 FastQC_v0.10.1
Насколько я понимаю это означает, что я - владелец текущего каталога и подкаталога FastQC_v0.10.1, и у меня должны быть все полномочия. Корень является владельцем родительского каталога, который был бы /usr/local/bin. Я читаю этот вывод правильно? Почему сценарий отказал бы из-за недостаточных полномочий?
3 ответа
Я получил ту же ошибку. Я заканчиваю тем, что поместил FastQC в /usr/share, столько других пакетов помещается там и помещает ссылку на /usr/local/bin, сколько предложенный инструкцией по установке. Тогда я изменил полномочия на файлы под FastQC.
sudo ln -s /path/to/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc
sudo chmod -R 755 /path/to/FastQC
Я думаю /usr/local/bin/FastQC, symlinked каталог и так как Вы сказали, что уже владеете им, тогда вероятно, Вам, вероятно, придется добавить выполнить разрешение к исходному местоположению, где fastqc программа. Также отметьте, в каком шаг катастрофические отказы сценария - является сценарием, пытающимся создать любые файлы/каталоги в местах, у Вас нет разрешения к и т.д.
sudo chmod -R +rwx /usr/local/bin/FastQC
Должен был установить чтение / запись / выполняет флаг к /usr/local/bin/FastQC и к его содержанию для владельца для группы и для других, но от Вашего ls -la производит группу, и другие пропускают флаг записи:
drwxr-xr-x 3 kat kat 4096 mei 8 14:20 .
[...]
drwxr-xr-x 7 kat kat 4096 mei 8 14:20 FastQC_v0.10.1
Altough это не могло бы быть проблемой, он похож chmod так или иначе отказавший.
первая вещь, которую я попробовал бы, будет состоять в том, чтобы выполнить chmod -R +rwx /usr/local/bin/FastQC снова и проверить, выполняются ли /usr/local/bin/FastQC и его внутренние папки / файлы (который мог бы сделать не, имеют чтение / запись/, набор флагов для владельца уже) на самом деле установлены быть считанным / записанный / выполняемый владельцем.