Что именно делает этот сценарий Shell?

Вы настроили свои разделы вручную? У меня была аналогичная проблема, запущенная на VirtualBox, и мне пришлось пройти через настройку раздела вручную, которая позволила мне установить загрузочный флаг основного раздела в Y (почему это не по умолчанию, я не уверен). Затем я решил переустановить файловую систему Linux и позже был предложено выбрать ядро ​​Linux для загрузки, за которым следует запрос на установку GRUB, которому это удалось. Автоматическая настройка, похоже, пропустит один или несколько из вышеперечисленных шагов. FWIW, ядро ​​Linux, которое я выбрал, было Linux-виртуальным ядром - не слишком хорошо осведомленным о различии между этой версией и версией generic-pae, я могу хотя бы сказать, что она загружена и, похоже, работает нормально.