Невозможно обновить индекс базы данных без входа в систему. Вы должны войти в систему и запустить команду updatedb.
Проверьте свою конфигурацию в /etc/updatedb.conf. Удалите ecryptfs из PRUNEFS и, вероятно, /home/.ecryptfs из PRUNEPATHS. Не забудьте запустить sudo updatedb после.