Вы получаете ошибку, потому что версия не была перегружена, а версия точно такая же. Вы не должны иметь один и тот же пакет с той же версией в том же ppa. Для освобождения с несколькими релизами я обычно либо набрасываю второстепенную версию:
mypackage_1.2-0ubuntu1 < for lucid
mypackage_1.2-0ubuntu2 < for maverick
Или я на самом деле называю их в расчете.
mypackage_1.2-0lucid2
Предполагается, что это более формальный, debian способ сделать это, но я не нашел его.