Являются ли эти вкладки в первом примере и пробелы в следующем? Вот сценарий оболочки, который может менять вкладки на два пробела. Измените рабочий каталог на расположение файлов HTML.
#!/bin/sh
for i in *.html
do
sed 's/\t/ /g' "${i}" > filename.notabs && mv filename.notabs "${i}"
done
UPDATE
Мне просто нужно было сделать что-то подобное. Я пошел прочь для замены Komodo Edit в файлах. Очень приятно, если у вас есть доступ к файлам с помощью GUI.