Что делать, когда boot-repair предупреждает об изменении компьютера из старого в режим uefi?

Все зависит от ваших личных предпочтений. Android SDK отлично работает на Ubuntu (я использую его каждый день) и не зависит от IDE, который вы решите использовать.

Лично я использую IntellJ IDEA. Издание сообщества поддерживает Android и является бесплатным. Eclipse является инструментом по умолчанию, а также является бесплатным и хорошо работает.

Я также знаю многих людей, использующих других редакторов, таких как vim, komodoedit и другие. Тем не менее я предлагаю использовать одно из первых двух предложений.

С точки зрения создания приложения вы должны изучить использование сборки по умолчанию с помощью Apache Ant или вы также можете ее построить, например. с Apache Maven и Maven Android Plugin. В любом случае найдите инструмент построения, который не зависит от используемой среды IDE и потенциально даже может использовать сервер непрерывной интеграции.