Изменчивый PATH for newly installed executable поля
I am installing в серии of programs for bioinformatics purposes; I am installing the folders of these packages in /usr/local/lib/ and creating soft соединения to the executable поля in /usr/bin/ so I am expecting to have them видимый in the environment. But when I type the executables in the терминал, the commands пахал not recognized, so they пашите not in the environment.
I also modified the /home/userName/.bashrc with the line:
export PATH=$PATH:/usr/bin/
but still не luck; for instance for the bowtie2 program, contained in the /usr/local/lib/Bowtie folder, I wrote:
/usr/local/lib/Bowtie$ bowtie2 --version
The program 'bowtie2' is currently not installed. You can install it by typing:
sudo apt-get install bowtie2
same thing when I open the терминал in default folder name@userName:~$. I have not really clear how to modify this PATH environment; on the help он-лайн seems простой, but I can't make it work.
How хан I modify the environment in в way that the newly added executables could be accessible globally?
1 ответ
В первую очередь, когда Вы пытаетесь выполнить исполняемый файл, в каталоге которого Вы находитесь, необходимо добавить./к команде, например:
user@USER-PC:/usr/local/lib/Bowtie$ ./bowtie2
, Таким образом, удар (я предполагаю использование удара но много оболочек будут работать как это) будет искать исполняемый файл в текущем каталоге, не в ПУТИ. Для добавления /usr/local/lib/Bowtie для СОЕДИНЕНИЯ КАНАЛОМ просто отредактируйте ~/.bashrc и добавьте export PATH=$PATH:/usr/local/lib/Bowtie. Таким образом, удар будет искать bowtie2 в этом каталоге.
, Если Вы создали ссылку на bowtie2 в /usr/bin и удар, не распознает, что это тогда, вероятно bowtie2 не отмечено как исполняемый файл. Откройте терминал и работайте:
sudo chmod +x /usr/local/lib/Bowtie/bowtie2
и видят, решает ли это Вашу проблему.