Использование чего-то типа rsync или tar для копирования раздела может быть проще. Я бы смонтировал раздел во второй точке монтирования, такой как /mnt перед копией. Эти параметры также позволяют изменять размер или тип раздела. У вас могут быть структуры и на дополнительных разделах. У меня часто есть отдельные разделы для /var и /usr. Они также должны быть рассмотрены.
Возможно, вам нужно будет вникнуть в документацию grub, чтобы определить, как правильно настроить таргетинг на диск и раздел. install-grub может делать неправильные предположения, которые не делают то, что вы хотите.
Существуют такие инструменты, как mondo, которые позволяют создавать загрузочный компакт-диск с установленной ОС на нем.