Почему wmctrl не работает для определенных окон?

Файл, который вы пытаетесь скопировать, по-видимому, является символической ссылкой, которая просто указывает на другой файл. Съемные носители обычно форматируются с файловой системой Microsoft, такой как FAT32 или NTFS, которые не поддерживают символические ссылки, поэтому вы не можете разместить их на диске. Обратите внимание, что копирование только ссылки не принесет ничего хорошего, поскольку ссылка без файла, который она указывает, будет бесполезной.