Во-первых, убедитесь, что установлен плагин, установка ubuntu Netbeans очень ванильна, вы должны добавить свои плагины вручную. как только вы это сделаете, перейдите к Tools -> Options -> PHP -> Zend and configure it. Затем запустите новый проект :)
Плагин называется «PHP Zend Framework»