необходимо создать резервную копию их для сохранения их (всегда делают это). Удаление их не нужно.
Вы устанавливаете Ubuntu в освобожденном пространстве, если Вы не хотите удалить текущую операционную систему. Если 1-е, которым Ваша система Windows будет там как двойная загрузка после установки, заканчивается. Если последняя Ubuntu удалит Ваши файлы для Вас и удалит КАКИЕ-ЛИБО разделы, связанные с ОС (который был бы C: D: E: F: или любая другая буква, связанная с той системой).