Почему я не могу создать разделители меню?

Я сделал это вручную на данный момент путем редактирования .config/menus/applications.menu, добавление <Separator/> внутри <Layout>...</Layout> около нижней части того файла:

<Layout>
    <Merge type="menus"/>
    <Filename>Terminal.desktop</Filename>
    <Filename>gedit-1.desktop</Filename>
    <Filename>Firefox Web Browser.desktop</Filename>
    <Filename>Tomboy Notes.desktop</Filename>
    <Filename>Geeqie.desktop</Filename>
    <Filename>alacarte-made.desktop</Filename>
    <Menuname>alacarte-made</Menuname>
    <Separator/>
    <Menuname>Accessories</Menuname>
    <Menuname>Debian</Menuname>
    <Menuname>Education</Menuname>
    <Menuname>Games</Menuname>
    <Menuname>Graphics</Menuname>
    <Menuname>Internet</Menuname>
    <Menuname>Office</Menuname>
    <Menuname>Other</Menuname>
    <Menuname>Development</Menuname>
    <Menuname>Science</Menuname>
    <Menuname>Multimedia</Menuname>
    <Menuname>System</Menuname>
    <Menuname>Universal Access</Menuname>
    <Separator/>
    <Filename>ubuntu-software-center.desktop</Filename>
    <Merge type="files"/>
</Layout>

Если Вы используете filemanager для получения до .config (например, через Places/Home Folder) убедитесь Show Hidden Files через View/Show Hidden Files или хит Ctrl+H.