Вы можете попытаться установить внешний вид Java по умолчанию GTK:
Откройте терминал (Ctrl + Alt + T) и вставьте верхний для openjdk, а нижний - для sun java.
gksu gedit /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/swing.properties
gksu gedit /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/lib/swing.properties
Следуйте комментарию в этом файле и удалите хэш-знак, чтобы он выглядел так:# uncomment to set the default look and feel to GTK
swing.defaultlaf=com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel
Сохранить и перезапустить java приложение. До и после: