Согласно Gnome Wiki, синтаксис в /etc/NetworkManager/NetworkManager.conf (в старых версиях был /etc/NetworkManager/nm-system-settings.conf) отличается от того, что я читал Arch Linux Wiki. Это должно быть:
[main]
plugins=ifupdown,keyfile
[ifupdown]
managed=false
[keyfile]
unmanaged-devices=mac:00:19:e0:57:86:af
Эта конфигурация делает NetworkManager незаметным для существования моей беспроводной карты, но все же позволяет мне контролировать ее с помощью других методов.