Используйте следующие /etc/NetworkManager/nm-system-settings.conf:
[main]
plugins=ifupdown,keyfile
[ifupdown]
managed=false
Таким образом, ваши интерфейсы с /etc/network/interfaces будут неуправляемы с помощью Network Manager, т. е. он не будет пытаться что-либо с ними делать.