На Natty Narwhal я перетащил System Center в программу запуска. Вместо значка на лаунчере появляется пустой квадрат. Однако щелчок по нему запускает системный центр. Эта проблема не возникает с другими приложениями, которые я закрепил на панели запуска.
Если я разобрался в Вас, это произошло после обновления? Так попытайтесь удалить те значки из средства запуска и перетащить их снова в средство запуска, например, от/usr/share/applications. Это работало на меня. Также проверьте этот вопрос Значки, отсутствующие в средстве запуска, параметрах настройки системы, папках и его ответе.