Я предполагаю, что вы столкнулись с этой проблемой с одной из тем Ubuntu. Терминал GNOME будет использовать фон из темы, а некоторые из тем Ubuntu (например, Ambiance) определяют прозрачный фон для терминала. Вы можете изменить это, но вам нужно изменить параметр gconf, который означает использование gconf-editor (программа GUI) или gconftool (программа командной строки).
Используя gconf-editor, перейдите в / apps / gnome -terminal / profiles / Default / use_theme_background и установите для него значение false.
Кроме того, в окне терминала введите:
gconftool -s /apps/gnome-terminal/profiles/Default/use_theme_background -t bool false
Прозрачность должна исчезнуть.