После обновления Ubuntu 16.04 были потеряны некоторые программы

Я использую Ubuntu 16.04. Несколько дней назад я нашел, что несколько программ, особенно R, KRDC, PlayOnLinux, не могут быть запущены, и ОС не видит их вообще. Я посмотрел на установленные пакеты с apt list --installed но также и не нашел трассировок их.

Я повторил установку KRDC, и это начинает работать и основывает все предыдущие настройки. Однако я не думаю, что это - правильный путь, с тех пор для R я должен буду переустановить много пакетов и зависимостей.

Я подозреваю, что это произошлось после одного из автоматических обновлений. Но я не запустил те программы в течение недели или два, и теперь я не знаю, как обнаружить то, что было неправильным и как зафиксировать это. Могли Вы совет меня что-то?

ОБНОВЛЕНИЕ.

Я нашел частично поврежденный Центр программного обеспечения. Программное обеспечение и меню обновлений не работали. Переустановка зафиксировала это. Вероятно, существует более поврежденное программное обеспечение.