После установки Ubuntu 13.10 все файлы стираются

Установите и настройте lm-датчики и пакеты fancontrol:

sudo apt-get install lm-sensors fancontrol

Документация для их настройки доступна на их страницах руководства.

Это функция, которая должна предоставляться BIOS, совместимым с ACPI, но похоже, что большинство производителей материнских плат не удосужились следовать стандарту.