sudo /etc/init.d/nscd restart
http://www.ubuntugeek.com/howto-clearflush-dns-cache-in-ubuntu.html
Также в качестве примечания вы можете проверить и посмотрите, распространялись ли ваши DNS-изменения с помощью копания и поиска против кого-то другого, кроме DNS-серверов по умолчанию. В этом случае DNS Google.
dig @8.8.8.8 example.com