На этот вопрос уже есть ответ:
Размер моего сайта 25 ГБ и место на сервере (Ubuntu 16.04 ) составляет 25 ГБ, / dev / xda1 показывает 19 МБ свободных, но все же показывает, что xvda1 заполнен на 100%. Любое исправление?
Одной из причин того, что файловая система может отображаться заполненной, когда остается свободное место, является пространство, зарезервированное для root. После того как вы определили, что занимает все пространство Вам нужно будет освободить немного места или изменить размер экземпляра.
Дополнительные источники: https://serverfault.com/questions/330532/xvda1-is-100-full-what-is-it-how-to-fix