http://www.iasptk.com/how-to-change-system-proxy-settings-from-terminal-in-ubuntu-1204precise
Как изменить настройки прокси-сервера из терминала в ubuntu 12.04 (Precise)
Настройте рабочий стол / ноутбук Ubuntu для использования вашего прокси-сервера с терминала.
Как изменить настройки прокси-сервера из терминала в ubuntu 12.04 (Точный) [ ! d3]
Откройте терминал и запустите следующие команды
. Примечание: - измените настройки хоста и порта на вашем.
gsettings set org.gnome.system.proxy.socks host '192.168.1.1′
gsettings set org.gnome.system.proxy.socks port 8080
gsettings set org.gnome.system.proxy mode 'manual'
Отключить настройку прокси от терминала в ubuntu 12.04
gsettings set org.gnome.system.proxy mode 'none'