Почему некоторые программы не обнаруживаются системой?

Прежде всего, программный центр Ubuntu и диспетчер пакетов - это две разные вещи - есть некоторые программы, принадлежащие обоим, но не все. (По большей части, например, если что-то может быть оплачено в USC, оно не будет доступно в одном из репозиториев)

В конкретном случае scid это действительно apt, но только потому, что это так, не означает, что при загрузке он обязательно установит ярлык для Dash. Однако у вас есть несколько альтернатив для его запуска:

Это последнее можно сделать довольно легко с помощью программы alacarte. Введите sudo apt-get install alacarte в терминал. После его установки введите alacarte для открытия.

Как только он откроется, нажмите кнопку «Новый элемент» справа. В качестве команды вы должны ввести scid, для имени, которое вы набираете, вы хотите называть ярлык (скорее всего, Scid.) Кроме того, вы можете выбрать пользовательский значок, щелкнув небольшой квадрат в левом верхнем углу подсказки свойств. В качестве предложения вы можете использовать, например, одно из изображений в /usr/share/scid/html/bitmaps - если вы просматриваете там, вы увидите серию значков, представляющих каждую шахматную фигуру (в общем говоря, вы должны иметь возможность выбирать практически любое изображение здесь, но вы хотите, чтобы это было чем-то маленьким для значка). Нажмите OK, закройте Alacarte, и ваш новый ярлык должен быть теперь в Dash.

Если вы хотите отредактировать запись, которую вы создали позже, откройте alacarte еще раз. Ваш ярлык будет в разделе «Другие» слева от окна.