Назовите собственный интерпретатор Python вместо анаконды

В этом случае вам нужно деактивировать среду conda.
Лучший совет - активируйте вашу среду conda только тогда, когда вам нужно (удалите conda activate из файла .bashrc), и, таким образом, система Python будет использоваться в общих задачах вашей ОС без проблем или непредвиденного поведения.

Как замечено от вывода echo $PATH:

/home/john/anaconda3/bin:/home/john/.local/share/umake/bin:/‌​home/john/bin:/home/‌​john/.local/bin:/usr‌​/local/sbin:/usr/loc‌​al/bin:/usr/sbin:/us‌​r/bin:/sbin:/bin:/us‌​r/games:/usr/local/g‌​ames:/snap/bin

/home/john/anaconda3/bin каталог на первом месте и как соответствующее python(аналогичный python2) и python3 двоичные файлы присутствуют в каталоге, все Ваш python сценарии интерпретируются двоичными файлами в том каталоге, не в масштабе всей системы, которые идут python-minimal (python2) и python3-minimal (python3) пакеты, и существующий в /usr/bin каталог, который появляется позже в Ваш PATH.

Вы должны:

• любое использование полный путь к систем

Или

• отбросьте /home/john/anaconda3/bin каталог от PATH, добавьте следующее к Вашему ~/.bashrc:

  export PATH='/home/john/.local/share/umake/bin:/‌​home/john/bin:/home/‌​john/.local/bin:/usr‌​/local/sbin:/usr/loc‌​al/bin:/usr/sbin:/us‌​r/bin:/sbin:/bin:/us‌​r/games:/usr/local/g‌​ames:/snap/bin'
  

  Можно сделать:

  echo "export PATH='<above_path_here>'" >>~/.bashrc
  

  Не уверенный, если Вы хотите сохранить '/home/john/.local/share/umake/bin, сделайте свой выбор.

Только ради полноты, обоих python2 и python3 на самом деле symlinked к соответствующему последнему двоичному подарку в системе.