Где я могу найти ключ gconf для сетевого менеджера?

Да, вы можете сделать rsync просмотр файлов, чтобы проверить, что все соответствует. Из man rsync

    -c, --checksum              skip based on checksum, not mod-time & size

Конечно, он будет медленным, но rsync должен найти различия, которые обычная проверка не обнаружит.

Но rsyncing не клонирует. Если вы хотите клонированную копию, используйте Clonezilla.