Я видел эту проблему, когда одеяло неправильно подумало, что я применил исправления к моей рабочей копии (вы можете найти ее текущий статус в папке .pc). Исправление в этом случае заключалось в том, чтобы заставить одеяло всплывать все патчи с помощью quilt pop -a -f.