Я попробовал как 4-5 программ сегодня, и ни один из них не работает.
Mendeley - имеет опцию экспортировать примечания, но на самом деле не создает файл (ошибка)
Nixnote - не может сделать заметки на PDF
Xournal - не может экспортировать примечания как отдельный индекс
Zotero - не может сделать заметки на PDF
Средство просмотра документов - не может сделать заметки на PDF
Ну, вы можете попробовать FoxitReader (я использую его ежедневно без каких-либо проблем), они предлагают бесплатную версию с множеством функций.
Как описано на их веб-сайте
Небольшой, быстрый и многофункциональный просмотрщик PDF, который позволяет открывать, просматривать и распечатывать любые PDF-файлы. В отличие от других бесплатных читателей, он позволяет создавать PDF-файлы, участвовать в общем обзоре и многое другое. Теперь доступно с технологией ConnectedPDF.
BLOCKQUOTE>