На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Иногда моя Ubuntu 16.04 не выключается, когда я пытаюсь выключиться из меню задач. Я принудительно выключаюсь, нажимая кнопку питания. Я хочу знать причину и решение для этого.
Причина может быть чем-либо, но попытаться выполнить эту команду для завершения работу:
sudo systemctl poweroff
Можно завершить работу терминалом этой командой:
sudo shutdown -h now