Поскольку вопрос сейчас старше трех лет, я просто хочу опубликовать обновление:
В Ubuntu 15.10 он очень похож на принятый ответ, там он выглядит следующим образом:
Перейдите на вкладку Edit -> Profile Preference -> Scrolling. Разорвите коробку рядом с "Limit scrollback to:".