Я рекомендую сначала использовать SMART, предполагая, что ваше оборудование поддерживает его. Это подтвердит проблемы с плохими блоками, с которыми вы можете справиться соответственно. Если это не диск, вы можете посмотреть в sar, iostat, hdparm и dtrace?
http://smartmontools.sourceforge.net/badblockhowto.html