файлы, дублированные ни по какой причине, вновь появляются после удаления?

Я использую Lubuntu 16.04.1

после успешного копирования содержания (файлы PDF) одной папки к новой (оба на моем внешнем жестком диске), я заметил, что большинство файлов копировало в исходной папке (то же имя, тот же размер...).

Когда я удаляю (или сократите), один из дублированных файлов, остающийся файл с тем же именем становится поврежденным, если я восстанавливаю dulplicated файл, это 'объединяется' с его дубликатом без уведомления, и затем файл PDF открывается снова без любой проблемы.

Я объединил как этот все дублированные файлы, но когда через какое-то время я включил снова свой внешний жесткий диск, я заметил, что все те файлы PDF были дублированы снова!

Дублированные файлы не повреждаются, я могу открыть их обоих.

Вы могли помочь?

PS:I должен сказать, что я часто использую этот внешний жесткий диск с Windows Vista (!) (двойная загрузка).