частичная команда замены строки
У меня есть набор последовательностей ДНК в моем файле. Я хотел бы заменить верхнюю строку, например. >xxx_3-13_00021^gcd с >gcd Кто-либо имеет поиск и заменяет команду для этого?
>xxx_3-13_00021^gcd
TGCCGTTATTACAATCCGGCAGTCCATACGGCAGCTTTTGCCTTACCCCAGTATCTGCAA
GATGCACTGGCTTCACAGCCGTCCTAA
>yyy_3-13_00019^group_3912
ATGGCCGTTTGCGCAAACAGTTACGCGCTCAGCGAGTCTGAAGCCGAAGATATGGCCGAT
TTAACGGCAGTTTTTGTTTTTCTGAAGAACGATTGTGGTTACCAGAACTTACCTAACGGG
CAAATTCGTCGCGCGCTGGTCTTTTTCGCCCAGCAAAACCAGTGGGATCTCAGTAATTAC
GACACCTTCGACATGAAAGCCCTCGGTGAAGACAGCTACCGCGATCTCAGCGGCATTGGC
ATTCCCGTCGCTAAAAAGTGCAAAGCCCTGGCTCGCGATTCCTTAAGCCTGCTTGCCTAC
GTCAAATAA
>zzzz_3-13_00020^cueO
ATGCAACGTCGTGATTTCTTGAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCAGCCTTGCCG
CTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCGGAACGCCCAACGTTACCAATCCCTGATTTGCTC
ACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGTCAGTCCACCTTTGGC
GGGAAAACCGCAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCCGGCGGTGAAATTA
CAGCGTGGCAAAGCGGTAACGGTTGATATCTACAACCAACTGACGGAAGAGACGACGTTG
CACTGGCACGGGCTGGAAGTACCGGGTGAAGTGGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCG
0
задан Zanna
9 December 2016 в 16:40
поделиться
1 ответ
Можно использовать команду follwoing sed для этого:
sed -e 's/^>.*\^/>/g'
Объяснение:
- выражение ищет строку, которая запускается с
>и заканчивается^ - и заменяет это
> - так, только последние несколько букв fasta-идентификаторов сохранены.
с Вашим примером:
$ echo ">xxx_3-13_00021^gcd
TGCCGTTATTACAATCCGGCAGTCCATACGGCAGCTTTTGCCTTACCCCAGTATCTGCAA
GATGCACTGGCTTCACAGCCGTCCTAA
>yyy_3-13_00019^group_3912
ATGGCCGTTTGCGCAAACAGTTACGCGCTCAGCGAGTCTGAAGCCGAAGATATGGCCGAT
TTAACGGCAGTTTTTGTTTTTCTGAAGAACGATTGTGGTTACCAGAACTTACCTAACGGG
CAAATTCGTCGCGCGCTGGTCTTTTTCGCCCAGCAAAACCAGTGGGATCTCAGTAATTAC
GACACCTTCGACATGAAAGCCCTCGGTGAAGACAGCTACCGCGATCTCAGCGGCATTGGC
ATTCCCGTCGCTAAAAAGTGCAAAGCCCTGGCTCGCGATTCCTTAAGCCTGCTTGCCTAC
GTCAAATAA
>zzzz_3-13_00020^cueO
ATGCAACGTCGTGATTTCTTGAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCAGCCTTGCCG
CTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCGGAACGCCCAACGTTACCAATCCCTGATTTGCTC
ACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGTCAGTCCACCTTTGGC
GGGAAAACCGCAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCCGGCGGTGAAATTA
CAGCGTGGCAAAGCGGTAACGGTTGATATCTACAACCAACTGACGGAAGAGACGACGTTG
CACTGGCACGGGCTGGAAGTACCGGGTGAAGTGGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCG" | sed -e 's/^>.*\^/>/g'
>gcd
TGCCGTTATTACAATCCGGCAGTCCATACGGCAGCTTTTGCCTTACCCCAGTATCTGCAA
GATGCACTGGCTTCACAGCCGTCCTAA
>group_3912
ATGGCCGTTTGCGCAAACAGTTACGCGCTCAGCGAGTCTGAAGCCGAAGATATGGCCGAT
TTAACGGCAGTTTTTGTTTTTCTGAAGAACGATTGTGGTTACCAGAACTTACCTAACGGG
CAAATTCGTCGCGCGCTGGTCTTTTTCGCCCAGCAAAACCAGTGGGATCTCAGTAATTAC
GACACCTTCGACATGAAAGCCCTCGGTGAAGACAGCTACCGCGATCTCAGCGGCATTGGC
ATTCCCGTCGCTAAAAAGTGCAAAGCCCTGGCTCGCGATTCCTTAAGCCTGCTTGCCTAC
GTCAAATAA
>cueO
ATGCAACGTCGTGATTTCTTGAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCAGCCTTGCCG
CTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCGGAACGCCCAACGTTACCAATCCCTGATTTGCTC
ACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGTCAGTCCACCTTTGGC
GGGAAAACCGCAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCCGGCGGTGAAATTA
CAGCGTGGCAAAGCGGTAACGGTTGATATCTACAACCAACTGACGGAAGAGACGACGTTG
CACTGGCACGGGCTGGAAGTACCGGGTGAAGTGGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCG
2
ответ дан Wayne_Yux
28 September 2019 в 01:28
поделиться