Для таких, как я, которые предпочитают командную строку:
(Протестировано до 16.04)
dconf write /org/compiz/profiles/unity/plugins/unityshell/shortcut-overlay false
sudo apt-get install gconf-editor
gconftool-2 --set /apps/compiz-1/plugins/unityshell/screen0/options/shortcut_overlay --type bool false
Это странно. В любом случае, я думаю, что
sudo /FULL_PATH/program_name
будет работать.
Еще одна хорошая идея - добавить в него символическую ссылку в каталоге / sbin / с помощью
sudo ln -s /FULL_PATH/program_name /sbin