Вам нужно выяснить, какой процесс порождает апт-чек. вы можете использовать что-то вроде ps, чтобы получить дерево процессов.
ps -A --forest
Если apt-check не имеет родителей, возможно, это может быть проблема с apt-check, а не с одной конкретной программой. если это так, я бы попытался отладить apt-check.
Проверьте Disless Remote Boot Linux и Clonezilla. Идея состоит в том, что вы установили желаемую ОС на выделенный сервер со всеми приложениями, клонировали ее, а затем использовали DRBL для установки изображения через Clonezilla.
DRBL: http://drbl.org/ Статья, описывающая все это: www.linuxjournal.com/article/10884