Существует программа, называемая java-swing-ayatana, которая поддерживает это. Я не уверен, что он работает с каждым java-приложением. Но теперь у этого есть PPA-установка, поэтому это довольно просто.
sudo add-apt-repository ppa:danjaredg/jayatana
sudo apt-get update
sudo apt-get install jayatana
После этого вам может понадобиться перезапустить сеанс.