Как поместить в черный список zfs модуль ядра во время начальной загрузки?

Если я корректен, что Вы установили ZFS через dkms тогда, похоже, что необходимо удалить его через тот же инструмент.

dkms remove [module/module-version] [-k kernel/arch] [--all]

       Removes a module/version or module/version/kernel/arch  combination
       from  the  tree.   If  the  module is currently installed, it first
       uninstalls  it  and  if  applicable,  will  replace  it  with   its
       original_module.   Use  the  --all  option  in  order to remove all
       instances for every kernel at once.

Источник: http://manpages.ubuntu.com/manpages/trusty/man8/dkms.8.html

Примечание: Вы могли бы хотеть избегать использования - вся опция, пока Вы не уверены, что получили желаемые результаты.