Проблема установки программного обеспечения AUTODOCK

Question 1

Я - новый пользователь для человечности. Я всегда использовал окна, но имею очень мало знания о терминальных и командных строках. ((Поскольку я - ученый с лекарственным фоном.), Но я доводил до конца этот форум Ubuntu. И это помогло мне значительно. Я - действительно благодарный форум Ubuntu, целый сердечно для этого большого усилия.

Теперь, в настоящее время я ищу решение конкретной проблемы, связанной с установкой инструментов AUTODOCK и AUTODOCK (ADT).

Я использую Ubuntu 15.04. и я использую Синаптический диспетчер пакетов для установки различных программ и приложений. И я установил MGLtools, AUTODOCK, пакет инструментов AUTODOCK и это, другие файлы формируют этого менеджера Успешно. и в установленном списке пакетов также они появляются.

но Когда я пытался запустить приложение "ADT" или "Автоприкрепления", я не нашел значок (поскольку значок для "Avogadro" действительно появлялся после его установки). Я пытался запустить его через терминал также.. но там это показывает 'команду, не найденную'.

Скажите мне корректную процедуру установки этого программного обеспечения. или где я иду не так, как надо в установке программного обеспечения.

Мне действительно нужно это приложение в моей системе как можно скорее. это программное обеспечение является одной из главной причины, Почему я начал использовать Ubuntu.

ниже я показал Команды и их вывод от терминала. Я надеюсь, что Это могло бы Помочь дать лучше понимание проблемы.

akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock
No command 'autodock' found, did you mean:
 Command 'autodock4' from package 'autodock' (universe)
autodock: command not found
akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock4
usage: AutoDock     -p parameter_filename
            -l log_filename
            -k (Keep original residue numbers)
            -i (Ignore header-checking)
            -t (Parse the PDBQT file to check torsions, then stop.)
            -d (Increment debug level)
            -C (Print copyright notice)
            --version (Print autodock version)
            --help (Display this message)


akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock-vina
autodock-vina: command not found
akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$

Question 2

Ваша установка была корректна. Для наблюдения значка в средстве запуска Вам нужны файл на рабочем столе и конечно исполняемый файл. Для использования командной строки, Вам нужен только исполняемый файл. Но существует огромная проблема, взгляните в конце моего ответа.

Пакет autodock
- Исполняемые файлы
```
/usr/bin/autodock4
```
- Файлы на рабочем столе
  
  ничего
Пакет autodocktools
- Исполняемые файлы
```
/usr/bin/autodocktools
/usr/bin/autoligand
/usr/bin/runAdt
```
- Файлы на рабочем столе
  
  ничего
Пакет avogadro
- Исполняемые файлы
```
/usr/bin/avogadro
/usr/bin/avopkg
```
- Файлы на рабочем столе
```
/usr/share/applications/avogadro.desktop
```
  Поэтому можно запустить его через Avogadro в Средстве запуска
Пакет autodock-vina
- Исполняемые файлы
```
/usr/bin/vina
/usr/bin/vina_split
```
- Файлы на рабочем столе
  
  ничего

Почему я знаю это?

Попробуйте команды ниже, строки с продвижением % команды. Все другие строки являются выводом команд.

% dpkg -L autodock | grep desktop

% dpkg -L autodock | grep /bin
/usr/bin
/usr/bin/autodock4

% dpkg -L autodocktools | grep desktop

% dpkg -L autodocktools | grep /bin
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt3
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/runAdt.py
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/runAdt
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt4
/usr/bin
/usr/bin/runAdt
/usr/bin/autoligand
/usr/bin/autodocktools


% dpkg -L avogadro | grep desktop
/usr/share/applications/avogadro.desktop

% dpkg -L avogadro | grep /bin   
/usr/bin
/usr/bin/avopkg
/usr/bin/avogadro

% dpkg -L autodock-vina | grep desktop

% dpkg -L autodock-vina | grep /bin   
/usr/bin
/usr/bin/vina_split
/usr/bin/vina

Проблема

После стартового ADT через терминал с /usr/bin/autodocktools Вы будете видеть что-то вроде этого:

Run ADT from  /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/__init__.py", line 433, in runADT
    title=title, withShell= not interactive, verbose=False, gui=gui)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Pmv/moleculeViewer.py", line 1026, in __init__
    trapExceptions=trapExceptions)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VF.py", line 387, in __init__
    verbose=verbose)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VFGUI.py", line 444, in __init__
    verbose=verbose,guiMaster=VIEWER_root,)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Viewer.py", line 586, in __init__
    cnf=cnf, **kw)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Viewer.py", line 285, in AddCamera
    c = classCamera(master, screenName, self, num, cnf=cnf, **kw)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Camera.py", line 2189, in __init__
    self.AddTrackball()
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Camera.py", line 2583, in AddTrackball
    self.trackball = Trackball(self, size, rscale, tscale, sscale, renorm )
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Trackball.py", line 88, in __init__
    self.createSpinGui()
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Trackball.py", line 726, in createSpinGui
    callback=self.setWithSpinGui,
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/mglutil/gui/BasicWidgets/Tk/vector3DGUI.py", line 90, in __init__
    self.createEntries(self.frame)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/mglutil/gui/BasicWidgets/Tk/vector3DGUI.py", line 360, in createEntries
    self.f.grid(column=3, rowspan=3)
  File "/usr/lib/python2.7/lib-tk/Tkinter.py", line 2022, in grid_configure
    + self._options(cnf, kw))
TclError: cannot use geometry manager grid inside .140381967613608.140381967671520.140381951084592.140381951131944 which already has slaves managed by pack
hit enter to continue

Это, кажется, известная ошибка в Ubuntu/Debian, и у меня в настоящее время нет идеи, как зафиксировать это.

A.B. · Answer 1 · 7 December 2019 в 13:54