файлы разделения с определенным шаблоном
Файл, с которым я работаю, похож
NAMES n0 n1 n2 n3 n4 n5 n6 n7
REGION chr 1 100000
404 AAAAAAGA
992 TTTTTTTA
1146 CCCCGGCC
1727 CCCCCACC
1778 GCCCCCCC
Мой желаемый вывод (заметьте строку два и как числа там),
file1
NAMES n0 n1 n2 n3 n4 n5 n6 n7
REGION chr 404 992
404 AAAAAAGA
992 TTTTTTTA
file2
NAMES n0 n1 n2 n3 n4 n5 n6 n7
REGION chr 1146 1778
1146 CCCCGGCC
1727 CCCCCACC
1778 GCCCCCCC
Я попробовал в awk
awk 'function print_vals() {
fn="file" c;
print hdr > fn;
print "REGION chr", sn, en >> fn;
for (i in a)
print a[i] >> fn;
} NR == 1 {
hdr=$0;
c=0;
next
} NF==2 && $1 >= 1000000*c {
if (c)
print_vals();
delete a;
i=0;
c++;
sn=$1;
} NF==2 {
a[++i]=$0;
en=$1;
} END {
print print_vals();
}' file
Для демонстрационных данных, которые работали и я получаю вывод, но для реального набора данных это не делает. Набор здесь https://www.dropbox.com/s/h6ukumbj08cwk99/arg_t1.gz? dl=0 Это lloks как thi s
NAMES n1 n2 n3 n4 n5 n6 n7 n8 n9 n10 n11 n12 n13 n14 n15 n16 $
REGION chr 1 10000000
69 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
474 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
584 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
627 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
676 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
690 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
894 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
1104 AAAAAAAAAAAAAAAAA
с выводом тем, чтобы быть - который переключается так или иначе..., это не способ, которым это должно быть
NAMES n1 n2 n3 n4 n5 n6 n7 n8 n9 n10 n11 n12 n13 n14 n15 n16 $
REGION chr 69 999927
561321 AAAAAACAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCAAAACAACAAAACAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAACAAAAACCAACA$
561362 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
562011 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
562029 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
562162 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA$
562171
кто-то мог сказать мне, как я должен зафиксировать это или предложить другой functio?
1 ответ
В awk ассоциативные массивы пересечены в нерешительном порядке. Замените Ваш
for (i in a)
n = i
for(i=1;i<=n;i++)
Для включения awk в сценарий удара, можно использовать что-то как
#!/bin/bash
for file
do awk -v file="$file" '....' "$file"
done
Удостоверьтесь, что Вы работаете chmod a+rx на файле сценария. Также замените строку
fn="file" c;
в Вашем awk сценарии
fn = c "_" file;
Эта строка - то, как Ваше новое имя файла создается: awk переменная file первоначально дан как значение название обрабатываемого файла (синтаксис: awk-v variable=value). awk переменная fn Ваше новое имя файла и переменная c который содержит число, связанное с символом _ и переменная имени файла.
Можно выполнить эту команду удара с несколькими файлами как аргументы. Они обрабатываются awk один за другим.
Конечный результат:
#!/bin/bash
for file
do awk -v file="$file" 'function print_vals() {
fn = c "_" file;
print hdr > fn;
print "REGION chr", sn, en >> fn;
n = i
for(i=1;i<=n;i++)
print a[i] >> fn;
} NR == 1 {
hdr=$0;
c=0;
next
} NF==2 && $1 >= 1000000*c {
if (c)
print_vals();
delete a;
i=0;
c++;
sn=$1;
} NF==2 {
a[++i]=$0;
en=$1;
} END {
print print_vals();
}' "$file"
done