Не удается найти пакеты vesta, vesta-nginx и vesta-php

Permission denied означает, что вы должны быть superuser or root для создания файлов / папок в определенном каталоге. Чтобы создать папку, требующую разрешения root, вам нужно просто добавить sudo перед вашей командой: sudo mkdir -p JAVA