Простое и хрупкое решение

Давайте запишем простой сценарий, названный hailmary.sh

#!/bin/bash
#The first line should always be just as it is above
#This script is called hailmary.sh
#because we run this script and we need to pray
#that all four commands will run correctly
#If one of them fail, you may not get the results

tophat -p 8 -G genes.gtf -o C1_R1_thout genome C1_R1_1.fq C1_R1_2.fq
cufflinks -p 8 -o C1_R1_clout C1_R1_thout/accepted_hits.bam
cuffmerge -g genes.gtf -s genome.fa -p 8 assemblies.txt 
cuffdiff -o diff_out -b genome.fa -p 8 –L C1,C2 -u merged_asm/merged.gtf ./C1_R1_thout/accepted_hits.bam,./C1_R2_thout/accepted_hits.bam,./C1_R3_thout/accepted_hits.bam ./C2_R1_thout/accepted_hits.bam,./C2_R3_thout/accepted_hits.bam,./C2_R2_thout/accepted_hits.bam

1. Скопируйте и вставьте все вышеупомянутые строки включая строки, запускающиеся с "#" в gedit, и сохраните как hailmary.sh.

2. В Наутилусе щелкните правой кнопкой по файлу, который Вы просто создали и выбор Properties. Перейдите в Permissions вкладка и помещенный галочка рядом с Позволяет выполнять файл как программу.

   Поочередно, в терминале войдите:

   chmod +x hailmary.sh

3. Для запущения скрипта в терминале войдите:

   ./hailmary.sh

./ прежде чем имя необходимо, и предполагает, что файл находится в месте текущего каталога. Если Вы помещаете файл в папку, которая находится в пути, такой как /home/<userid>/bin, затем Вам не будет нужно ./. При помещении его где-то в другом месте, необходимо будет записать целый путь, такой как:

/home/<userid>/myspecialfolder/hailmary.sh

Отметьте, четыре команды и их аргументы находятся в четырех отдельных строках. Если Вы хотите поместить их в одну строку, необходимо разделить их && или ;. Нет никакой потребности в ; если они находятся в отдельных строках.

В любом из этих случаев не запустится вторая команда, пока первое не завершается (или катастрофические отказы!).

Проблема с этим подходом, это не проверяет, работала ли первая команда успешно прежде, чем выполнить вторую и т. д. и т. п. Итак, если tophat сбои по некоторым причинам, сценарий продолжит последовательность запонки, cuffmerge, и cuffdiff. Именно поэтому я называю этот документ на получение hailmary.sh.

Источник: https://unix.stackexchange.com/questions/184502/bash-how-to-run-a-command-after-the-previous-finished

Сценарий с проверкой на вывод tophat

#!/bin/bash
#The first line should always be just as it is above
#This script is called hailmary2.sh
#This script runs tophat
#then checks for the existance of the output file
#If the output is found, it runs the rest

tophat -p 8 -G genes.gtf -o C1_R1_thout genome C1_R1_1.fq C1_R1_2.fq

if [[ -f "./C1_R1_thout/accepted_hits.bam" ]]; then
    echo "tophat finished. Proceeding with the rest"
    cufflinks -p 8 -o C1_R1_clout C1_R1_thout/accepted_hits.bam
    cuffmerge -g genes.gtf -s genome.fa -p 8 assemblies.txt 
    cuffdiff -o diff_out -b genome.fa -p 8 –L C1,C2 -u merged_asm/merged.gtf ./C1_R1_thout/accepted_hits.bam,./C1_R2_thout/accepted_hits.bam,./#C1_R3_thout/accepted_hits.bam ./C2_R1_thout/accepted_hits.bam,./C2_R3_thout/accepted_hits.bam,./C2_R2_thout/accepted_hits.bamfi
else echo "tophat did not complete"
fi

Надежда, которой это помогает, пока кто-то еще не предоставляет более изящный ответ.