Действительно ли безопасно удалить эти файлы с “Microsoft” на имя?

Эти файлы попадают в четыре группы:

/lib/modules/4.13.0-16-generic/kernel/drivers/hid/hid-microsoft.ko
/usr/src/linux-headers-4.13.0-16-generic/include/config/hid/microsoft.h  

Это драйверы и файлы поддержки для устройств ввода данных с торговой маркой Microsoft (клавиатуры и мыши). Они неопределенно связаны с Microsoft, но вероятно не содержат кода Microsoft. Можно, вероятно, удалить их безопасно, хотя, если у Вас есть аппаратные средства Microsoft, Вы могли бы потерять вещи как поддержка ключей медиа или дополнительных кнопок мыши. Я не думаю, что любые аппаратные средства Microsoft являются абсолютно несовместимыми с универсальным USB или драйверами PS/2.

/usr/lib/os-probes/mounted/20microsoft
/usr/lib/os-probes/mounted/efi/20microsoft

Это часть загрузчика Личинки, используемого, чтобы обнаружить, если существует существующая операционная система Microsoft или не на отдельном разделе/объеме. Я не достаточно знаком с внутренностями Личинки, чтобы сказать, если удаление их было бы безопасно, или если это повредит Вашу систему полностью.

/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1251
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1255
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1256
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1251/Compose
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1251/XI18N_OBJS
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1251/XLC_LOCALE
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1255/Compose
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1255/XI18N_OBJS
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1255/XLC_LOCALE
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1256/Compose
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1256/XI18N_OBJS
/usr/share/X11/locale/microsoft-cp1256/XLC_LOCALE
/usr/share/X11/xkb/geometry/microsoft
/usr/share/doc/libx11-dev/i18n/compose/microsoft-cp1251.html
/usr/share/doc/libx11-dev/i18n/compose/microsoft-cp1255.html
/usr/share/doc/libx11-dev/i18n/compose/microsoft-cp1256.html
/usr/share/fonts/X11/encodings/microsoft-cp1250.enc.gz
/usr/share/fonts/X11/encodings/microsoft-cp1251.enc.gz
/usr/share/fonts/X11/encodings/microsoft-cp1252.enc.gz
/usr/share/fonts/X11/encodings/microsoft-cp1253.enc.gz
/usr/share/fonts/X11/encodings/microsoft-cp1254.enc.gz
/usr/share/fonts/X11/encodings/microsoft-cp1255.enc.gz
/usr/share/fonts/X11/encodings/microsoft-cp1256.enc.gz
/usr/share/fonts/X11/encodings/microsoft-cp1257.enc.gz
/usr/share/fonts/X11/encodings/microsoft-cp1258.enc.gz
/usr/share/fonts/X11/encodings/microsoft-win3.1.enc.gz

Это файлы, описывающие Windows cp125* семейство кодировок символов. Вы не хотите удалять их: вещи повредятся плохо, если Вы когда-нибудь будете посещать веб-сайт с помощью одной из этой кодировки (приблизительно 5% сети) или пытаться открыть текстовый документ с помощью одного из них. Они связаны с Microsoft только в том смысле, что они описывают методы Microsoft.

/usr/share/mime/image/vnd.microsoft.icon.xml

Это просто описывает тип MIME для формата Windows Icon file. Удаление его означает это .ico файлы будут описаны как "Файл данных", а не "Windows Icon", но не должны иметь никаких других эффектов.

Вы могли узнать, которые упаковывают эти файлы, часть, затем решает, что удаление того пакета является неправильным:

locate *microsoft* | xargs -n 1 dpkg -S

Конечно, читать man xargs и man dpkg.

Принятие Вас запускает Ubuntu или производную этого, Вы не должны волноваться о "Наличии Microsoft или Windows" на Вашем компьютере, если Вы не старались изо всех сил устанавливать ВИНО. Вы свободны причинить безотносительно вреда себе или Вашей системе Вы желаете.

Как со всем данным советом: Пользователь Остерегается.