Как к grep последовательности фесты с помощью списка идентификаторов в другом файле?

Question 1

У меня есть большой файл последовательности фесты и список идентификаторов. Я должен grep некоторые последовательности с заголовком с помощью их идентификаторов из другого файла. Здесь, примеры файлов.

Файл 1:

>AB1234
ACGTAGATA
>AB3456
ACGATAGAT
>AB4567
ACGTGTGA

Файл 2

>AB1234
>AB3456

Question 2

Вы можете иметь grep считайте шаблоны из файла, один шаблон на строку, с -f опция:

grep -x -F -A 1 -f 'File 2' 'File 1'

Кроме того,

-F интерпретирует шаблоны буквально и не как регулярные выражения,
-x только соответствует всем строкам,
-A N печать N строки после каждого соответствия.

Question 3

Question 4

Я заставил это работать:

for i in $(cut -d" " -f1- file2); do grep -o "$i" file1 | tee -a result.txt; done

Предположение file1 == id файл, и file2 == файл, который будет схвачен

Result.txt:

AB1234
AB3456

David Foerster · Answer 1 · 7 December 2019 в 15:27

Вы можете иметь grep считайте шаблоны из файла, один шаблон на строку, с -f опция:

grep -x -F -A 1 -f 'File 2' 'File 1'

Кроме того,

-F интерпретирует шаблоны буквально и не как регулярные выражения,
-x только соответствует всем строкам,
-A N печать N строки после каждого соответствия.

George Udosen · Answer 2 · 7 December 2019 в 15:27

Я заставил это работать:

for i in $(cut -d" " -f1- file2); do grep -o "$i" file1 | tee -a result.txt; done

Предположение file1 == id файл, и file2 == файл, который будет схвачен

Result.txt:

AB1234
AB3456

Как к grep последовательности фесты с помощью списка идентификаторов в другом файле?

2 ответа

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: