Проблемы intalling Mothur 39.5 (никакой найденный make-файл)
Я плохо знаком с UBUNTU и для Mothur. Я пытаюсь установить 39.5 версий Mothur, которые я загрузил с https://github.com/mothur/mothur/releases (Mothur.linux_64.zip). Я следовал за конвейером установки, обеспеченным Mothur:
mkdir mothur
cd mothur
unzip ../Mothur.source.zip
make
Но я получаю эту ошибку:
make: *** No targets specified and no makefile found. Stop.
Я вошел в файлы, и я не могу найти make-файлы (Уничтожение, CatchAllCmdL.exe, ЛИЦЕНЗИЯ, mothur, uchime, vsearch. Я мог попытаться использовать:
Sudo apt install mothur
но, это только устанавливает предыдущую версию. Если кто-то мог бы дать руку с этим!.
Спасибо
3 ответа
Вы не должны создавать mothur из источника.
Mothur.linux_64.zip готов выполниться.
$ wget https://github.com/mothur/mothur/releases/download/v1.39.5/Mothur.linux_64.zip
$ unzip Mothur.linux_64.zip
$ cd mothur
$ ./mothur
дает это:
mothur v.1.39.5
Последнее обновление: 20.03.2017
[...]
mothur>
Mothur.linux_64.zip содержит исполняемый файл, который уже компилируется. Вы не должны создавать его; можно просто выполнить его. Если Вы имеете cdредактор к распакованному mothur каталог, который содержит файл, который также называют mothur, можно просто выполнить команду:
./mothur
Можно хотеть поместить, распаковывают mothur каталог (или перемещение распакованный каталог) везде, где Вам нравится, затем помести символьную ссылку на это mothur исполняемый файл где-нибудь в Вашем PATH.
Если Вы можете запустить программу, но затем хотеть информацию о том, как использовать ее, можно ввести help() в подсказку это дает Вам, который перечисляет все доступные команды, а также ссылки для документации.
Если Вы на самом деле хотите скомпилировать его от исходного кода затем, необходимо будет загрузить исходный код, который, поскольку pim говорит, что можно сделать путем получения .tar.gz файл маркировал "Source code" на странице загрузки. Но на основе того, что Вы спросили, у меня нет причины думать, что Вы на самом деле нуждаетесь или хотите это. С тем, что Вы имеете, необходимо смочь запустить программу; это уже компилируется для Вас, таким образом, Вы не должны компилировать его сначала.
Или просто установите его от хранилища пакетов (также доступный для Debian):
sudo apt-get update
sudo apt-get install mothur