Как скопировать и восстановить каталоги системного уровня

DD является опасной командой и не рекомендуемый: https://unix.stackexchange.com/a/141037/165083

Вы могли использовать rsync вместо него, но я использую что-то вроде этого для того, чтобы сделать резервное копирование и загрузить его на AWS s3:

function backup() {
    ###Path###
    pathToContent=${directory}
    pathToBackup=/home/backup/$(date +"%Y-%m-%d").${directory}.tar.gz
    ###Backup###
    echo "Creating tar.gz file for ${pathToContent}"
    tar -czf ${pathToBackup} ${pathToContent}
    echo "Uploading ${pathToBackup} to AWS s3"
    aws s3 cp --no-progress ${pathToBackup} s3://<BUCKET>
    echo "Removing ${pathToBackup}"
    rm ${pathToBackup}
}

cd <directory>
for directory in $(ls -d */ | cut -f1 -d'/');
    do
        echo "BACKUP FOR $directory starting now."
        backup $directory
        echo "Backup for ${directory} completed successfuly."
    done

Изменитесь <directory> :)