На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Я пробовал такие методы, как удаление или обновление списка источников, который я нашел в web, но это не помогло.
в Вашем случае кажется, что просто необходимо удалить исходный список атома
sudo rm -f /etc/apt/sources.list.d/atom.list
sudo apt-get update
если Вы хотите, чтобы атом txt редактор был установлен/обновлен, перейдите по ссылке: https://launchpad.net / ~ webupd8team / + архив/человечность/атом? поле series_filter=trusty