Как я копирую только файлы, которые перезаписывают других в каталоге

Необходимо смочь достигнуть этого с rsync, использование --existing флаг:

        --existing              skip creating new files on receiver

Напр. данный

$ tree -a A/ B/
A/
├── bar
├── baz
├── foo
└── .hidden
B/
├── bam
├── baz
├── foo
└── .hidden

0 каталогов, 8 файлов

где baz, foo и .hidden распространены, но bar существует только на источнике и bam только на цели, затем (примечание: я включал подробное -v и -n флаг "пробного прогона" в целях иллюстрации):

$ rsync -avn --existing A/ B/
sending incremental file list
.hidden
baz
foo

sent 152 bytes  received 25 bytes  354.00 bytes/sec
total size is 0  speedup is 0.00 (DRY RUN)

только обновления baz, foo и .hidden. (Файлы, которые существуют только на месте назначения, проигнорированы по умолчанию.)

Можно проверить это без --existing, bar был бы также скопирован:

$ rsync -avn A/ B/
sending incremental file list
.hidden
bar
baz
foo

sent 155 bytes  received 28 bytes  366.00 bytes/sec
total size is 0  speedup is 0.00 (DRY RUN)