Любое запущенное приложение запускается с теми же разрешениями, что и у вас, поэтому LibreOffice может создавать папки, где вам разрешено это делать. Вы должны хранить все свои собственные файлы в дереве вашего домашнего каталога, что упрощает резервное копирование - у вас будут полные разрешения на создание папок, документов и т. Д.