На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Как я могу установить службу mssql -сервер для запуска при загрузке
root@ubuntu-s-1vcpu-2gb-lon1-01:/etc/init.d# update-rc.d mssql-server enable
update-rc.d: error: cannot find a LSB script for mssql-server
root@ubuntu-s-1vcpu-2gb-lon1-01:/etc/init.d# update-rc.d system.ctl mssql-server enable
usage: update-rc.d [-n] [-f] <basename> remove
update-rc.d [-n] <basename> disable|enable [S|2|3|4|5]
-n: not really
-f: force
The disable|enable API is not stable and might change in the future.
root@ubuntu-s-1vcpu-2gb-lon1-01:/etc/init.d# update-rc.d system.ctl mssql-server -f
usage: update-rc.d [-n] [-f] <basename> remove
update-rc.d [-n] <basename> disable|enable [S|2|3|4|5]
-n: not really
-f: force
При использовании Ubuntu 16.04, как сообщается в теге вопроса, необходимо использовать systemctl вместо этого. Включить сервис при запуске:
systemctl enable mssql
Отключать сервис при запуске:
systemctl disable mssql
Возможно, сервисное название было бы mssql-сервером, так попробуйте сначала mysql затем с mysqld